2006年５月馬軍與章子怡、姚明、溫家寶同時(shí)入選美國(guó)《時(shí)代周刊》“影響世界100人”名單，同時(shí)當(dāng)選“綠色中國(guó)”年度人物。6月，組建NGO組織――公眾與環(huán)境研究中心，9月中心推出中國(guó)首個(gè)水污染公益數(shù)據(jù)庫――“中國(guó)水污染地圖”。2007年３月他再次拋出綠色選擇企業(yè)名錄，截至發(fā)稿已點(diǎn)名5700家污染企業(yè)。５月29日，污染一度得到緩解的太湖再次爆發(fā)嚴(yán)重水患，再一次把環(huán)保問題提到了戰(zhàn)略高度，親自走訪過太湖流域的馬軍說，對(duì)環(huán)保問題的關(guān)注，沒有最晚，只怕更晚。
　　
　　“媒體不是比較擅長(zhǎng)于發(fā)現(xiàn)問題嘛，我原以為書寫出來了，把問題扔在那兒，我心里的壓力發(fā)泄掉了，這個(gè)任務(wù)就告一段落了，剩下的交給專門人士去解決�！� 這個(gè)被眾媒體濃墨重彩推出的環(huán)保斗士，成為中國(guó)水危機(jī)代言人，此刻如此“誠(chéng)實(shí)”地回憶當(dāng)年他那部打亂了中國(guó)環(huán)保節(jié)奏的炸彈――《中國(guó)水危機(jī)》一書。
　　
　　“極端環(huán)保分子”對(duì)應(yīng)“偽水利專家”
　　
　　馬軍在引用“怒江建壩之爭(zhēng)”來證明《環(huán)境影響評(píng)價(jià)法》和公眾參與對(duì)公共決策的重要性時(shí)，并沒有提到自己，也沒有提到這場(chǎng)硝煙四起的口水大戰(zhàn)中大名鼎鼎的建壩支持方，只是很客觀地說“包括一些專家學(xué)者也認(rèn)為應(yīng)該建壩”。方舟子、張博庭在媒體上稱馬軍、汪永晨、廖曉義為“極端環(huán)保分子”，撰文揭露其“險(xiǎn)惡用心”時(shí)，馬軍還是一心一意地等著由他主筆的《民間呼吁依法公示怒江水電環(huán)評(píng)報(bào)告的公開信》的回應(yīng)。
　　描述這件事他并沒有激烈的言詞：“我不是反對(duì)建壩，但不是每座山每條河都適合建壩。像那樣一個(gè)300多公里狹長(zhǎng)壯觀的東方大峽谷，按照原計(jì)劃13級(jí)大壩幾乎是一級(jí)的庫尾就接著下一級(jí)的大壩。沒有浪費(fèi)任何的水能資源，也沒給自然留下任何的余地，特殊的動(dòng)植物，特別是魚類，都沒給它們留下生存的空間�！痹诃h(huán)保組織的努力下，公眾獲得了知情權(quán)，再加上有消息說“三江并流”將成為世界自然遺產(chǎn)，規(guī)劃緩了下來，反對(duì)的聲音通過各種渠道傳遞到了最高層，總理批示要“慎重研究，科學(xué)決策”。馬軍告訴我們，前幾天水利部部長(zhǎng)汪恕誠(chéng)說這件事本屆政府沒有可能再去做了，留待以后再去討論，停了一下又說：“我想將來不管是建還是不建，都會(huì)給自然留下更大的空間�！�
　　
　　馬軍的出道身份是香港《南華早報(bào)》記者。當(dāng)年《南華早報(bào)》在大陸只有一個(gè)記者站，隨著工作在全國(guó)各地的開展，馬軍陸續(xù)遭遇到了很多他以前不曾讀到，不曾想到的現(xiàn)實(shí)世界的樣子。
　　“那年我經(jīng)過山西，也是這樣一個(gè)季節(jié)，春天，下著雨，火車沿著汾河谷地開下去，兩邊是綠綠的田野，桃花開了，特別美，只是汾河的水非常少，只有一個(gè)皺皺巴巴巨大的干河床。忽然我發(fā)現(xiàn)每經(jīng)過一個(gè)村子就會(huì)有一條小河流出來，雨水讓原來干的小河都有水了，但每個(gè)村子流出來的水都是不同的顏色：紅的、橘黃的、有的是黑色的、有的泛著綠光，一副水面長(zhǎng)了毛似的藻類過度爆發(fā)的樣子……整個(gè)汾河谷地變成了一個(gè)大的調(diào)色板，每個(gè)小村莊都煙霧彌漫，天空是工廠噴出來的黑煙，下面是五顏六色的河，一條一條的河像爬行似的，慢慢匯到汾河那么可悲的一條水里繼續(xù)緩緩爬行，好像我都能感到那種粘稠的濃度�！�
　　“這么污染的河肯定不會(huì)用去灌溉，很多河比這個(gè)好一點(diǎn)，但也混入了大量的工業(yè)污染，直接就從田里流過了�！泵磕瓯恢亟饘傥廴镜募Z食達(dá)到了1200萬噸，“農(nóng)民有時(shí)種地種菜種糧食，種完以后不吃，賣出去，再用收入去相鄰的水源比較好的地區(qū)買糧食�！�
　　
　　調(diào)查水危機(jī)
　　
　　汾河是黃河的第二大支流，黃河斷流早在1972年就開始了，到了上世紀(jì)90年代中期變得非常嚴(yán)重，1997年斷流達(dá)到226天�！斑@期間我多次去過黃河，不止對(duì)我，對(duì)很多人的觸動(dòng)都挺大的�！薄霸卩嵵荩�巨大的河床上黃河只剩淺淺的一線了，主河道上是淤積的泥沙，靠近岸的河床上已經(jīng)開始長(zhǎng)起了草，變成了草灘�！睆拇禾斓鹊角锾欤�一直到雨帶光臨，黃河里才會(huì)又有一些水。
　　一方面缺水，一方面污染，2004年環(huán)保總局對(duì)一百多個(gè)新建的污水處理廠做過調(diào)查，有一半沒有正常工作。我們?cè)诂F(xiàn)實(shí)中看到過很多，有的污水處理廠，大門緊閉，不工作，投資幾千萬的廠子，設(shè)備都風(fēng)吹雨打地廢棄掉了。有時(shí)候是國(guó)家給錢去建污水處理廠，讓地方去配套資金建管網(wǎng)，國(guó)家錢到位了，地方?jīng)]有配套的錢，管道都沒有接上，就說建好了，污水直接流出去，就從老百姓那收污水處理費(fèi)。
　　污染越重，河水稀釋污水、自凈的功能越退化，清水資源越少……這樣的惡性循環(huán)加速了水危機(jī)從城市到農(nóng)村，從地表向地下，從陸地到海洋的蔓延。北京市地勘局曾在云崗地區(qū)打出兩眼深度在1500米以上的深井，打穿了距今5億年的奧陶紀(jì)巖層取得了寒武紀(jì)深部基巖巖溶水和構(gòu)造裂隙水（也就是不可再生的“水化石”）用于居民飲水，而僅僅在百年前，清華北大等高校校園水面之大還可行船數(shù)十里。
　　“城市人口、工農(nóng)業(yè)的大躍進(jìn)造成了對(duì)水資源需求的大躍進(jìn)”，近五十年北京地下水位下降了五十米，京郊水庫從無到有建了八十多座，還遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠，2010年最大的南水北調(diào)計(jì)劃正在開展中，漢水進(jìn)入北京后將全部改用管道輸送，馬軍他們?nèi)ミ^工地現(xiàn)場(chǎng)：“最為驚人的就是那些巨大的管道，4米高的管道一個(gè)人站在里面是摸不到頂?shù)摹！?
　　“現(xiàn)在可能很多人沒有想到1200公里以外的水真的是一個(gè)非常高的代價(jià)，我們?nèi)ズ�北，�?dāng)?shù)氐囊粋�(gè)水利部門的官員半開玩笑半認(rèn)真地說，‘你們可以把水拿走，但請(qǐng)把人也帶走吧，我們安置他們的能力實(shí)在非常有限�！�南水北調(diào)中線工程自丹江口水庫起周邊三十萬人要因此而遷移，在那樣人口密集的地區(qū)，如何能妥善安置這三十萬人，確實(shí)是一個(gè)很大的挑戰(zhàn)�！�
　　全國(guó)各地形形色色的水問題是馬軍持續(xù)關(guān)注環(huán)境問題的原動(dòng)力，幾年的資料收集整理下來，原來模糊的東西逐漸清晰了，舊有的治水方略走到盡頭就是水危機(jī)，而更多的人根本不知道自己的周邊每天都發(fā)生著什么，不知道幾十公里外的一個(gè)小廠子是如何侵害了包含自己在內(nèi)的公共福祉。
　　在江蘇一個(gè)“長(zhǎng)壽村”，當(dāng)?shù)匕傩障蝰R軍傾訴說某個(gè)企業(yè)來了，生產(chǎn)什么不知道，只知道河就黑了，水井的水變成怪味了，只知道以前村里四五年死１個(gè)人，現(xiàn)在一年就死了2個(gè)得惡性腫瘤的，以前是“長(zhǎng)壽村”，現(xiàn)在一年查出來6個(gè)得惡性腫瘤的……
　　“為什么近些年死亡人數(shù)最高的疾病變成癌癥，惡性腫瘤，這些現(xiàn)象間是否存在某種聯(lián)系，還沒有人給出科學(xué)的結(jié)論，但致癌，致畸，致突變的這種三致有毒有害物確實(shí)在排放，它會(huì)讓你感到地圖上那些黑色線條代表的并不僅僅是‘一條藍(lán)色的河被污染了’這樣的陳述句，而是實(shí)實(shí)在在的當(dāng)?shù)匕傩盏拿裆�痛苦。這些事情會(huì)一次次給你動(dòng)力，覺得哪怕只能做一點(diǎn)點(diǎn)事情，也會(huì)對(duì)現(xiàn)狀有所幫助�！�
　　1999年，馬軍的《中國(guó)水危機(jī)》出版了，“沒想到之后每年不斷被人請(qǐng)到各個(gè)場(chǎng)合講座，第一次就被邀請(qǐng)去了華盛頓環(huán)保局。層次越來越高，聽的人越來越認(rèn)真，在耶魯做訪問學(xué)者的兩個(gè)學(xué)期內(nèi)，幾乎不間斷地與專家、普通民眾進(jìn)行各種各樣的交流，“我開始認(rèn)識(shí)到必須全力地投入到這個(gè)事情中，只有維持相當(dāng)深度的研究，才能有一個(gè)相對(duì)比較扎實(shí)的結(jié)論�！�
　　2006年馬軍組建的公眾與環(huán)境研究中心（IPE）開始運(yùn)作，環(huán)保終于成為他的職業(yè)，馬軍也成為一些人口中的“偽水利專家”，不過正像《時(shí)代》周刊評(píng)選2006年度“影響世界100人”時(shí)對(duì)他做出的評(píng)論那樣：“中國(guó)需要更多的馬軍�！�

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