1910年10月，中國(guó)東北發(fā)生鼠疫。1910年10月25日，滿洲里首發(fā)鼠疫，11月8日即傳至北滿中心哈爾濱。之后疫情如江河決堤般蔓延開來，不僅橫掃東北平原，而且波及河北、山東等地。患病較重者，往往全家斃命，當(dāng)時(shí)采取的辦法是將其房屋估價(jià)焚燒，去執(zhí)行任務(wù)的員役兵警也死亡相繼。一時(shí)從城市到鄉(xiāng)村都籠罩在死亡的陰影之下。東北大鼠疫不僅造成了當(dāng)時(shí)人民的大量死亡，而且還帶來了生存壓力及經(jīng)濟(jì)生活的全面恐慌，特別由于交通斷絕而影響了城鎮(zhèn)人民的正常生活。
　　鼠疫出現(xiàn)后，清政府下令各處嚴(yán)防。1910年12月，指派天津北洋陸軍醫(yī)學(xué)院副監(jiān)督伍連德為全權(quán)總醫(yī)官赴哈爾濱，開始了大規(guī)模的鼠疫防疫工作，隨后陸續(xù)抽調(diào)所能調(diào)動(dòng)的陸軍軍醫(yī)學(xué)堂、北洋醫(yī)學(xué)堂和協(xié)和醫(yī)學(xué)院的醫(yī)護(hù)人員以及直隸、山東等地方的一些醫(yī)生，源源不斷前往東北。在伍連德等專家的建議下，清政府及各地方當(dāng)局對(duì)疫情采取了科學(xué)而有效的防疫措施，比如組建各級(jí)防疫組織、頒布各種防疫法規(guī)，以及采取了隔斷交通、對(duì)病人及疑似病人實(shí)施隔離、焚化尸體、對(duì)疫區(qū)嚴(yán)格消毒等具體防疫措施。
　　在這期間，清政府無論是中央還是地方，在整個(gè)華北按伍連德的建議進(jìn)行防疫，成功地控制鼠疫的擴(kuò)散。俄國(guó)方面也積極配合，在阻止鼠疫在俄人居住區(qū)流行的同時(shí)，控制鼠疫經(jīng)西伯利亞鐵路的傳播。在華的外國(guó)醫(yī)生和醫(yī)學(xué)生，更是義無反顧志愿去疫區(qū)參與防疫工作，多人殉職。當(dāng)?shù)氐闹嗅t(yī)也勇敢地主動(dòng)醫(yī)治鼠疫病人，伍連德組建的防疫隊(duì)伍也付出巨大犧牲，直接接觸病人的護(hù)理和救護(hù)人員將近一半人員殉職。
　　由于各種防疫措施處理得當(dāng)，在當(dāng)時(shí)疫情嚴(yán)重的局勢(shì)下，不到4個(gè)月就成功撲滅了這場(chǎng)死亡人數(shù)達(dá)6萬之多、震驚世界的烈性傳染病，指揮這次防疫的伍連德也因此名揚(yáng)世界，而清政府在這次鼠疫大流行中盡管在初期存在缺乏應(yīng)急措施、個(gè)別官員瀆職等問題，但在其后的措施處理可圈可點(diǎn)，不但尊重專家建議，為防治疫病提供了強(qiáng)有力的組織保證，甚至在沖破世俗偏見上所表現(xiàn)出的開明，在今天看來也令人欽佩。
　　鑒于伍連德的卓越成就，國(guó)際聯(lián)盟衛(wèi)生組織授予伍連德“鼠疫斗士”榮譽(yù)稱號(hào)，清廷賜予他陸軍藍(lán)頂軍銜并特賞“醫(yī)科進(jìn)士”頭銜。
　　1912年民國(guó)成立，伍連德又被委任為黎元洪大總統(tǒng)的侍從醫(yī)官。同年，他奉派在哈爾濱設(shè)立東三省防疫總管處，任防疫總醫(yī)官。他攜眷赴任，在東三省交通要沖先后建立了6所防疫醫(yī)院和實(shí)驗(yàn)室，并于1926年創(chuàng)立了哈爾濱醫(yī)科大學(xué)的前身――哈爾濱醫(yī)學(xué)專門學(xué)校。東三省防疫總管處是中國(guó)近代公共衛(wèi)生史上防疫機(jī)構(gòu)之發(fā)軔。在東三省第二次肺鼠疫大流行期間(1919年一1920年)，防疫處領(lǐng)導(dǎo)下屬各地防疫醫(yī)院積極防治，很快撲滅瘟疫，發(fā)揮了決定性作用。此后發(fā)生的所有鼠疫、霍亂及其它瘟疫，都被迅速平息，沒有造成大的危害。著名學(xué)者梁?jiǎn)⒊�曾贊譽(yù)道：“科學(xué)輸入垂五十年，國(guó)中能以學(xué)者資格與世界相見者，伍星聯(lián)博士一人而已!”

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