1958年6月18日，艾森豪威爾的記者招待會。一位記者問他是否在考慮設(shè)立一個科技部，這位美國總統(tǒng)笑著予以否譏“這個嘛，科學(xué)有點像你呼吸的空氣，無處不在，要專門搞一個部，一個單獨的空氣部……”
　　然后他認真地繼續(xù)說下去：“政府的每一個部門，尤其是國防部，國務(wù)院，和我，都已經(jīng)盡我們最大的努力，以所有可能的方式來征求可能得到的這些人(科學(xué)家)的最好意見和想法。”
　　其時，蘇聯(lián)衛(wèi)星“伴侶號”上天帶給美國人的震撼尚未平息，那些認為蘇聯(lián)已經(jīng)超越美國的國會議員，極力主張成立科技部，實現(xiàn)“科技大趕超”。
　　其時，在中國，一個名叫“科學(xué)技術(shù)委員會”的部門也剛誕生。它由“科學(xué)規(guī)劃委員會”和“國家技術(shù)委員會”這兩個帶有濃厚計劃經(jīng)濟色彩的機構(gòu)合并而成――事實上，它們正是蘇聯(lián)顧問建議的結(jié)果。
　　設(shè)立“科委”，當(dāng)初的目的是進行科技規(guī)劃，在1960年代，它的規(guī)模并不大，1970年一度被并入中科院，到1977年9月才恢復(fù)，隨后改為“國家科學(xué)技術(shù)委員會”
　　
　　科研經(jīng)費分配“政科不分”
　　
　　國家科委一直存在到1998年，歷任主任有聶，榮臻、廳毅、宋健――這是一個副總理級的部門。當(dāng)年3月10日，九屆全同人大一次會議通過了《關(guān)于國務(wù)院機構(gòu)改革的決定》，“同家科學(xué)技術(shù)委員會”更名為“中華人民共和國科學(xué)技術(shù)部”，科技部由此誕生。
　　根據(jù)當(dāng)年《國務(wù)院關(guān)于機構(gòu)設(shè)置的通知》，原國家科委的一些職能分別劃歸國土部、環(huán)�？偩只蛑�識產(chǎn)權(quán)局，而劃入的則是原國家計委擬定科技發(fā)展中長期規(guī)劃、編制重大科技攻關(guān)計劃以及相關(guān)經(jīng)費安排的職能。
　　及至今日，科技部已成為一個控制大量科研經(jīng)費的部門，和“統(tǒng)籌科技政策”相比．它“組織科研項目、分配科研資金”的職能顯然更引人注目。
　　不過，也正是這一職能的履行，讓人頗多詬病。
　　在學(xué)者劉軍寧看來，中國經(jīng)濟已經(jīng)開始擺脫計劃體制，但在科技方面，計劃體制不僅沒有退場，而且在許多方面得到了加強。而上海交大的一位教授則說，科技界最大的問題是用計劃經(jīng)濟的手段管“不能計劃的東西”。
　　在美同，科研人員須自己選項目，提出資金申請，再交由同行評議，才能決定是否立項，而在中國的科技界，更多的時候是相反的一個過程：先立項目，再找人來做，有時官員甚至直接參與選擇具體科技課題。
　　批評者比較一致的看法是，科技部對國家科研經(jīng)費的分配“政科不分”。
　　包括中科院院士鄒承魯在內(nèi)的二三位著名科學(xué)家曾經(jīng)批評：“(科技部)各司局功能自我定義是組織和領(lǐng)導(dǎo)科技……許多科技人士――包括中國的精英――在科技部中下級官員面前都不能正常發(fā)表意見……每過一段時間設(shè)立新計劃，其中相當(dāng)多是行政人員的主觀意識……導(dǎo)致科技人士圍著行政人員轉(zhuǎn)……”
　　不單司局長，“連處長都把持著很多科研經(jīng)費，”一位科技記者說，從立項到選擇評審專家，行政人員的權(quán)力太大。
　　
　　中科院研究生院教授柳卸林認為，中國非常強調(diào)政府增加科技投入，但卻缺乏一個科學(xué)且獨立的對科技計劃和項目進行評估和監(jiān)督的機制。許多科技經(jīng)費得不到應(yīng)有的監(jiān)督，造成相當(dāng)大的浪費。許多重大的國家計劃，都是部門自己確立、驗收，沒有與其他部門進行協(xié)商，也缺乏事后的評價。
　　這與鄒承魯?shù)热说呐�評不謀而合：“和其他部委不同，科技部沒有明確的、可以評價的責(zé)任……國家經(jīng)費下達到科技部后，如何應(yīng)用經(jīng)費、其效果如何，它既沒有上級檢驗、也沒有下級壓力�！�
　　事實上，兩年前媒體曾揭露過某研究員一邊當(dāng)著科技部863專家組領(lǐng)域副組長，一邊做著該領(lǐng)域重大項目的主持人――在科技部2003年3月1日就開始實行的《國家科技計劃項目評估評審行為準則與督察辦法》，評審專家需要遵循的第一條規(guī)定就足回避原則。
　　此外，也有研究者聲稱，科技成果鑒定驗收單位事先“自評”已經(jīng)“成為常規(guī)”，而鑒定驗收人員“行政化”也變成了“科技界公開的秘密”。
　　“科技體制的問題與教育體制的問題是不可分割的，萬鋼來自教育界，‘產(chǎn)學(xué)研結(jié)合’又是他的強項，不知能否找到一條較好的發(fā)展道路�！鼻笆隹萍加浾哒f。統(tǒng)籌科技政策亦受挑戰(zhàn)
　　在“組織科研項目、分配科研資金”之外，“統(tǒng)籌科技政策”這一職能面臨的挑戰(zhàn)也日漸浮出水面。
　　在中國國家科技發(fā)展計劃的成就中，“兩彈一星”一直為人所贊譽，不過時至今日，“加強領(lǐng)導(dǎo)、集中力量、增加投入”已經(jīng)無助于科技上更大的突破。
　　2006年1月9日，國家主席胡錦濤在全國科技大會上的一段講話頗引人關(guān)注：“要建立競爭機制，堅持國家科技計劃對全社會開放，支持和鼓勵國內(nèi)有條件的各類機構(gòu)平等參與承擔(dān)國家重大計劃和項目，為全社會積極創(chuàng)新創(chuàng)造良好條件�！�
　　與此直接相關(guān)的是，民間是否有足夠的力量和動機投入科技活動，而更根本的問題在于，中國是否有適應(yīng)民間科研機構(gòu)生長的制度空間。
　　中科院黨組副書記方新就曾在一篇文章中呼吁，政府要給公益類型的科研機構(gòu)轉(zhuǎn)制提供政策上的優(yōu)惠，“一定要干非贏利的事業(yè)”。
　　前科技部部長徐冠華在卸任前宣布，研制大飛機等16個重大科技專項將在2007年得到實質(zhì)性推進。此后，便有媒體發(fā)表評論，“制造大飛機不妨請民企參與”，并指出在市場經(jīng)濟時代，沿用舊有體制、僅僅依賴國企，由于缺乏足夠的激勵和官僚體制的扭曲，很可能造成資源的極大浪費。
　　“(大課題的)形成和選擇也有著科技部其他課題的通病，只是數(shù)量級上又放大了�！庇醒芯空咴�如是表示。
　　回到文章開頭，艾森豪威爾拒絕了科技部，但并不拒絕來自科學(xué)家的專業(yè)意見，這從他隨后任命了美國歷史上第一個專職的總統(tǒng)科學(xué)顧問便可看出。
　　有趣的是，資料顯示，1962年，在經(jīng)歷了大躍進的苦難之后，中國的科學(xué)家們也曾在廣州會議上建議國家設(shè)立“科學(xué)顧問團”，以幫助政府避免在科研和生產(chǎn)中再發(fā)生違背科學(xué)規(guī)律的事情。很可惜，該提議未被采納。

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