對官員問責的日趨普遍是本屆政府施政的顯著特點之一。這是由公共服務型政府的建設目標與體制性障礙的矛盾日益突出決定的。不久前閉幕的全國住房工作會議把市縣政府作為“轄區(qū)內住房保障、住房供應和房價穩(wěn)定工作”責任主體，便是典型的例子。
　　可以預計，隨著中央政府對地方政府問責的進一步加強，會促使地方政府在政府機構設置上與加強社會管理和公共服務的需要相協(xié)調。中國社會管理和公共服務部門的機構設置、職能配置和人員編制比較薄弱，出現了“缺位”或“不到位”的現象。改革最大的挑戰(zhàn)將來自于在充實社會管理與公共服務機構的同時，如何進一步收縮、壓縮對市場的具體審批職能及其相應管理機構，把政府不該管的事交給市場、企業(yè)和社會組織；對于能夠通過市場來實現資源優(yōu)化配置的事情，政府不應再投入機構和編制。
　　在加強對地方政府問責的同時，中央政府層面的機構改革的焦點問題也日益突出。
　　當前，中國政府機構設置過多過細，管理對象與管理事務重疊，機構重疊、職能交叉、協(xié)調困難的情況十分普遍，多頭管理、政出多門現象十分突出，成為中國政府職能與機構配套改革的重點與難點問題。目前，除國務院辦公廳外，國務院共有組成部門28個，特設機構1個、直屬機構18個、辦事機構4個、部委管理的國家局10個、直屬事業(yè)單位14個，另外還有100多個議事協(xié)調機構，數量多、類型多，分工過細。不少部門職能相近或相似，既造成部門之間的職責交叉、推諉扯皮，又導致職能分散、政出多門，削弱了政府的決策職能，也不利于集中統(tǒng)一管理。如交通運輸方面，設有交通部門、鐵道部門、民航部門；文化方面，設有文化部門、廣電部門、新聞出版部門、文物部門；等等。據不完全統(tǒng)計，目前國務院部門之間有80多項職責交叉。如建設部門與發(fā)展改革部門、交通部門、水利部門、鐵道部門、國土資源部門等24個部門存在職責交叉。農業(yè)產前、產中、產后管理涉及14個部委(局)，等等。
　　傳統(tǒng)的讓多個部門負責同一項工作的做法，看起來是在加強領導，實際上是減輕了部門應承擔的責任。政府機構改革的方向是按照精干、統(tǒng)一、效能的原則，改變目前適應計劃經濟體制的“小部制”體制，實行綜合管理，整合、歸并相關、相同或相近的職能，相同或相近的職能盡量由一個部門承擔，綜合設置政府機構，實行市場經濟條件下的“大部制”，使政府部門逐步向“寬職能、少機構”的方向發(fā)展，逐步向大農業(yè)、大交通、大文化、大科技的管理方式過渡，以切實減少部門職責交叉事項，變部門之間“扯皮”為部門內部協(xié)同。市場經濟發(fā)達國家政府機構設置的慣例是實行“大部制”，中央政府機構普遍在14～20個左右，如美國克林頓任總統(tǒng)時的政府內閣部為14個，日本內閣設1府12省廳；等等。大部制是一種“大職能、寬領域”的政府事務綜合管理體制，能夠有效避免職能交叉，提高行政效率，便于內部協(xié)調，提高社會經濟生活的統(tǒng)籌安排能力；同時，也有利于部長承擔政治責任與行政責任，有利于責任政府的建設。
　　考慮到機構改革與人員安排的復雜性，中國可逐步推進“大部制”。對部門內部機構設置也應調整思路，歸并相近或相關職能，實行“大司局”、“大處室”的做法。
　　另外，決策職能與執(zhí)行職能不分現象的突出，使決策部門普遍容易受到執(zhí)行利益的干擾，導致問責更加困難。一些部門集決策和執(zhí)行于一身，監(jiān)督流于形式，如發(fā)展改革部門既管宏觀規(guī)劃又管具體項目審批，國土資源管理部門既管國土規(guī)劃又管土地審批和監(jiān)督，等等。長期下去，容易造成國家利益部門化、部門利益法制化的現象。
　　解決這個問題，就要建立決策、執(zhí)行與監(jiān)督適度分離的行政運行機制，將公共服務、行政執(zhí)法等方面的執(zhí)行職能分離出來，設立專門的執(zhí)行機構，作為部委管理的國家局或國務院直屬機構，避免有些部門集決策、執(zhí)行、監(jiān)督于一身的弊端，形成由決策部門、執(zhí)行部門、監(jiān)督部門三大類部門組成的中央政府組織機構總體框架。設立執(zhí)行機構，可先在服務目標、執(zhí)法對象和執(zhí)法程序比較明確、執(zhí)法法規(guī)比較健全的部門進行試點。

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