大部制是改革開放以來中國行政體制改革又一次傷筋動骨的大動作，是“深水區(qū)”的作業(yè)，面臨著四道難題。 　　 　　權(quán)力整合難 　　 　　現(xiàn)行的政府機(jī)構(gòu)都是以往改革的既得利益者，每一個部委辦局手里都拿捏著顯赫的權(quán)力，掌管著豐厚的公共管理資源。
　　而實(shí)行大部制，就是要從現(xiàn)有行政機(jī)構(gòu)身上“割肉”，把職能交叉、重疊的行政資源合并重組，變“九龍治水”為“一龍治水”。
　　這些交叉、重疊的職能部門盤根錯節(jié)，你中有我，我中有你，要整合這些行政資源，就像剝蠶絲一樣，每一根絲都觸動一大片官場神經(jīng)，稍有不慎，不是形成權(quán)力真空，就是形成新的權(quán)力交叉、重疊，還會引起官場“地震”。
　　如現(xiàn)在石油和煤炭的管理比較松散，而電力管理則十分嚴(yán)密，有國家電監(jiān)委、國家發(fā)改委、國資委三大部門在管，上面還有國家電力體制改革領(lǐng)導(dǎo)小組統(tǒng)籌，誰都在管。實(shí)行大部制，石油、煤炭和電力都?xì)w一個大部――能源部來管，要從幾個婆婆手里收權(quán)。
　　大部制下，相關(guān)幾個部的權(quán)力重新洗牌，整合到一塊，考驗(yàn)改革者的政治智慧和操作水平，既要大刀闊斧，又要心細(xì)如發(fā)，做到平穩(wěn)過渡，無縫銜接，確實(shí)不容易。
　　
　　人員分流難
　　
　　大部制下，機(jī)構(gòu)減少了，官位勢必也減少，必定要有一部分人為此而“犧牲”官位。如交通部、鐵道部和民航總局一旦合并，至少正部長就要減少2個，還有好多副部長要降職。并且機(jī)構(gòu)精簡和重組勢必帶來人員的分流，而分流人員是歷次機(jī)構(gòu)改革最為頭疼的事。
　　以1998年機(jī)構(gòu)改革人員分流為鑒，基本辦法有四種，即帶職分流、定向培訓(xùn)、加強(qiáng)企業(yè)和優(yōu)化結(jié)構(gòu)。
　　帶職分流，就是定編定員后，超編干部離開機(jī)關(guān)，保留職級。那么保留職級后到哪里去呢？會不會另外設(shè)置一些事業(yè)編制的機(jī)構(gòu)或者官辦的中介、行業(yè)協(xié)會等消化這部分人員，搞體外循環(huán)？而且必須是“大廟”，才能供養(yǎng)這些高級別的“大菩薩”。這樣做，既增加了改革成本，又增添了新的“準(zhǔn)”管理機(jī)構(gòu)。
　　定向培訓(xùn)，就是對離崗公務(wù)員進(jìn)行會計(jì)、審計(jì)、法律、經(jīng)濟(jì)管理、教育管理等方面知識的正規(guī)培訓(xùn)，為走向新的崗位作準(zhǔn)備。這個渠道僅僅是權(quán)宜之計(jì)，參加培訓(xùn)的人如果是年輕的骨干，本應(yīng)留在新組建的大部里，如果是“惡補(bǔ)”性質(zhì)的培訓(xùn)，這些人“營養(yǎng)不良”，“底氣不足”，培訓(xùn)后又能去哪里呢？
　　而加強(qiáng)企業(yè)，就是選調(diào)定向培訓(xùn)后的人員首先充實(shí)工商企業(yè)、金融企業(yè)，以及財(cái)稅、政法、市場管理等執(zhí)法機(jī)構(gòu)，文化、教育、衛(wèi)生等單位和適應(yīng)社會主義市場經(jīng)濟(jì)發(fā)展的社會中介組織。這又使上述這些機(jī)構(gòu)人員膨脹，打個不恰當(dāng)?shù)谋扔�，等于是把一群鴨子從這條小巷攆到那條小巷。
　　至于優(yōu)化結(jié)構(gòu)，就是通過人員分流，調(diào)整政府和企業(yè)、機(jī)關(guān)和基層人員的年齡結(jié)構(gòu)、知識結(jié)構(gòu)和專業(yè)結(jié)構(gòu)，達(dá)到優(yōu)化組合，全面提高公務(wù)員隊(duì)伍和基層工作人員的整體素質(zhì)。這一點(diǎn)是機(jī)構(gòu)改革成敗的關(guān)鍵，其實(shí)還是涉及到人員分流問題，“優(yōu)化”下來的人怎么辦？
　　
　　機(jī)制磨合難
　　
　　從機(jī)構(gòu)改革的歷史來看，大部制的組織架構(gòu)設(shè)想并非是機(jī)制上的創(chuàng)新。早在上世紀(jì)50年代，已有國家經(jīng)委這樣的大部委設(shè)立；文革中將政府的數(shù)十個部歸并為幾個大組，或者以“口”劃權(quán)，比如農(nóng)林口、工交口等；2003年國家設(shè)立商務(wù)部，可以視作大部制的“熱身”。
　　一個整合了不同部門利益的強(qiáng)勢大部委，可以打破現(xiàn)有部門利益格局，消解部門之間挈肘因素，壓制部門利益追求沖動，從更宏觀和科學(xué)的角度進(jìn)行政策決策、執(zhí)行和監(jiān)督。
　　可是，專家們擔(dān)心，大部制不是簡單地等同于部門拼湊，而應(yīng)有著更深刻的理念跟進(jìn)。過去的大部委運(yùn)行并不盡如人意，原因就在于與舊有的行政思維過多妥協(xié)。新的大部委理應(yīng)具有新的執(zhí)政內(nèi)涵，避免以新“大”代替過去的舊“大”。
　　大部制不是幾個“小部”的簡單疊加，如果這樣的話，在大部制下，原來的“部”降格為“司”，“閻王”變成了“小鬼”，但手中的權(quán)沒有變，仍然行使過去“部”的職權(quán)，改革就沒有意義。
　　在大部制下，機(jī)構(gòu)內(nèi)部的磨合，外部的磨合，上下之間的磨合，與執(zhí)政黨的機(jī)構(gòu)設(shè)置如何對接，怎樣才能不重復(fù)、不重疊等等，都在考量大部制的生存系數(shù)。
　　
　　運(yùn)行監(jiān)督難
　　
　　實(shí)行大部制管理后，由原來的幾部委組成新部門，權(quán)力和財(cái)力勢必更加集中，一個部門的權(quán)力更大了，能不能建立起有效的權(quán)力約束機(jī)制，能不能有效遏制部門利益，怎樣防止因權(quán)力過度集中而產(chǎn)生的腐敗問題，成為影響改革的一大關(guān)鍵因素。
　　大部制機(jī)構(gòu)設(shè)置有可能把部門職能交叉、政出多門、相互扯皮問題，通過改變組織形態(tài)來加以抑制。但有人擔(dān)心，大部制改革可能把分散的部門利益，積聚為集中的部門利益。如果一個部門變?yōu)橐粋�超級部，權(quán)力很大，對它進(jìn)行監(jiān)督恐怕更加困難。
　　像規(guī)劃、國土、城建這樣的部門，原來相互獨(dú)立，彼此還存在一種權(quán)力的制衡；甚至有時(shí)現(xiàn)實(shí)中表現(xiàn)出來的步調(diào)不一致，某種程度上也是因?yàn)閷�違規(guī)違法行為的不認(rèn)同和抵制。比如有的地方違規(guī)征地，國土部門開了綠燈，規(guī)劃部門就不一定放行。如果“三合一”之后，外部制衡變成了內(nèi)部協(xié)調(diào)，那就更難約束了。
　　因此，而如何建立健全決策權(quán)、執(zhí)行權(quán)、監(jiān)督權(quán)既相互制約又相互協(xié)調(diào)的權(quán)力結(jié)構(gòu)和運(yùn)行機(jī)制，是最為關(guān)鍵之舉。

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